Lyoko a été créé par Franz Hopper, véritable génie informatique et ancien professeur au collège Kadic (voir rubrique Franz Hopper).
Dans les années 1970, il a participé au Projet Carthage, sans trop savoir dans quoi il s'engageait... En témoignent les photos du générique de fin de la saison 2.
Il comprit plus tard que le projet Carthage était en fait un programme militaire destiné à bloquer les communications ennemies. Il devait donc avoir la capacité d'interagir avec les réseaux de communication terrestres, comme le font les tours avec le réseau électrique.
Cette idée a tellement déplu à Franz qu'il abandonna le projet dans les années 1990. Caché dans son laboratoire, il construit alors le supercalculateur, puis créa Lyoko. Enfin, il programma XANA, pour qu'il détruise Carthage.
Mais un jour, Franz commença à se sentir observé. "Quelqu'un m'espionne... quelqu'un qui veut m'éliminer..."
Il tenta alors de détruire le supercalculateur et de supprimer toute trace de ses activités clandestines. C'est alors qu'il découvrit "une des propriétés les plus fascinantes" du supercalculateur : le retour dans le passé. Ceci lui donna tout le temps dont il avait besoin pour mettre au point son "grand projet", qui représente pour lui la seule solution d'échapper à ses ennemis. Ces "ennemis" étant probablement les fameux hommes en noir que nous voyons dans les derniers épisodes et dans les flashback d'Aelita.
Le 2546ème jour, tout était fin prêt : Franz avait terminé les scanners et les programmes de virtualisation, et il s'apprêtait à se rendre sur Lyoko avec sa fille, Aelita. Tous deux détiendraient les "clés" de Lyoko et en seraient les maîtres absolus : Franz avait prévu qu'ils y vivent, elle et lui, à tous jamais.
Mais ce jour-là, les hommes en noir finirent par le retrouver, l'obligeant à fuir sur Lyoko avec Aelita plus précipitemment que prévu.
Ensuite... on ne sait pas trop ce qui s'est passé.
Franz a, pour une raison quelconque, perdu le contrôle de XANA. L'intelligence artificielle l'a fait prisonnier quelque part sur Lyoko puis s'en est prise à Aelita, voulant voler sa mémoire afin de récupérer les clés de Lyoko et s'évader du supercalculateur.
A la fin de la saison 2, XANA a réussi à s'emparer de la totalité de la mémoire d'Aelita et s'échappe. Franz porte alors secours à sa fille et la sauve.
Mais on ne sait toujours pas où il est tenu prisonnier...
